Разработан алгоритм поиска мутаций, связанных с раком прямой и толстой кишки

Российские ученые разработали вычислительный метод, который позволяет за очень короткое время выявлять вариации в структуре ДНК, которые способствуют росту опухолевых клеток при развитии рака прямой и толстой кишки. Поиски этих «пособников» опухолей ускорят разработку новых лекарств от рака, сообщили в пресс-службе Центрального университета.

«Раньше биологам приходилось методом проб и ошибок выяснять, какие гены может активировать та или иная длинная некодирующая РНК. Мы предложили подход, который за несколько часов вычислений дает проверяемую гипотезу — короткий список приоритетных генов-мишеней. Это как навигатор в лабиринте генома: вместо того чтобы блуждать, исследователи и врачи-онкологи сразу видят потенциальные направления терапии», — пояснил научный сотрудник Центрального университета (Москва) Герман Ашниев.

Исследователи объяснили, что на характер развития и роста опухолей сильно влияют не только мутации в структуре генов, кодирующих различные белки, но и особенности в структуре некодирующих участков ДНК, отвечающих за синтез различных длинных цепочек РНК. Данные последовательности генетических «букв»-нуклеотидов играют важную роль в управлении активностью большого числа генов, в том числе множества онкогенов.

В частности, подобными свойствами обладает длинная цепочка РНК под названием SNHG1, число копий которой значительно повышается при развитии рака прямой и толстой кишки. Как именно этот регулирующий элемент способствует развитию рака и на какие участки генома он воздействует, ученые не знали, что связано с большой длиной этой цепочки РНК и тысячами потенциальных генов-«мишеней», на которые она в теории может влиять.

Для решения этой проблемы российские исследователи предложили алгоритм, который помогает быстро находить новые перспективные участки генома, связанные с опухолеобразованием и пригодные для дальнейшей экспериментальной проверки в качестве потенциальных мишеней для терапии. В своей работе этот метод учитывает то, как могут контактировать друг с другом ДНК и РНК, различные метки активности генов и расположение так называемых суперэнхансеров — особых последовательностей, способных многократно усилить работу гена.

Этот алгоритм помог ученым выявить набор из 12 перспективных генов-мишеней, активность которых была повышена в опухолях пациентов по сравнению со здоровой тканью и связана с уровнем SNHG1. В число этих участков ДНК входит уже изученный ген TOP1, который является «мишенью» для популярной химиотерапии от рака прямой и толстой кишки. Это подтверждает работоспособность нового подхода и указывает на то, что он ускорит разработку новых терапий и поможет врачам точнее подбирать лечение для каждого конкретного пациента.

Источник: https://tass.ru/ 

11.08.2026