Составлена наиболее подробная структурная карта протеома SARS-CoV-2

Новый веб-ресурс Aquaria-COVID содержит подробную структурную карту протеома коронавируса SARS-CoV-2. Создатели ресурса охарактеризовали возможные структуры 27 коронавирусных белков и их связь с функциями.

За время пандемии COVID-19 ученые установили экспериментально и выложили в базу RCSB PDB (Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank, далее PDB) множество структур белков вируса SARS-CoV-2. Большая часть структурных исследований посвящена S-белку и его взаимодействиям с различными лигандами, но некоторые научные группы моделируют полный протеом (результаты одной из таких работ размещены в базе BIOZENTRUM). Для моделирования используются разные программы, среди них AlphaFold, C-I-TASSER, MODELLER, Rosetta, SWISS-MODEL. Однако для некоторых методов предсказанные структуры сильно варьируют. Кроме того, такие подходы обычно нацелены на построение модели только одного или нескольких структурных состояний для каждого белка. Авторы новой работы поставили цель преодолеть ограничения существующих подходов и смоделировать каждое возможное состояние для каждого белка SARS-CoV-2, загруженного в PDB. Они собрали всю доступную информацию по структурам белков SARS-CoV-2 и родственных ему SARS-CoV и MERS-CoV и доработали созданную ранее платформу для молекулярной визуализации Aquaria. Новый ресурс Aquaria-COVID содержит данные о структурах белков SARS-CoV-2, пока не доступные на других ресурсах. В работе описаны 27 вирусных белков, их известные и предсказанные с помощью моделирования свойства и функции, а также известные и потенциальные молекулы-партнеры. В результате сравнения модельных и экспериментальных структур ученые распределили белки по четырем функциональным группам. «Наш ресурс поможет исследователям понять, чем новые штаммы вируса отличаются друг от друга. Это кусочек головоломки, который, как мы надеемся, поможет справиться с новыми вариантами по мере их появления», — говорит руководитель группы Шон О’Донохью, профессор Института медицинских исследований в Гарване (Австралия).

Источник: https://pcr.news/novosti/sostavlena-naibolee-podrobnaya-strukturnaya-karta-proteoma-sars-cov-2/

27.09.2021