Суперкомпьютер помог ученым понять механизм заражения вирусом ВИЧ-1

Суперкомпьютер Frontera в Техасском университете помог ученым понять, как происходит заражение вирусом ВИЧ-1.  Frontera создал первые реалистичные модели капсида ВИЧ-1 вместе с белками, водой, генетическим материалом.

Модель капсида

«Нам удалость найти уязвимость в капсиде вируса ВИЧ-1 с помощью масштабных симуляций и анализа, который мы провели», — сказал Грегори Вотх, заслуженный профессор в Чикагском университете.

Исследователи использовали экспериментальные данные и разработали полноатомное моделирование молекулярной динамики капсида ВИЧ-1. Моделирование состояло из 100 млн атомов.

На полученном изображении видно бороздки, они появляются в процессе напряжения и деформации. По ним можно понять, где белковая решетка сжимается или расширяется.

Расположения бороздок в моделировании

Такие исследования помогают создать лекарства, которые работают по оптимальной стратегии и воздействуют на слабые места вируса.

О суперкомпьютере

В сентябре 2019 г. Техасский центр передовых вычислений при Техасском университете в Остине (UT Austin) объявил об официальном запуске своего нового суперкомпьютера Frontera, который является самым производительным академическим суперкомпьютером в мире, а также пятым по мощности июньском рейтинге TOP500 2019. Система была построена на инвестиции Национального научного фонда (NSF), сумма которых составила $60 млн. Созданием суперкомпьютера занималась компания Dell EMC при участии Intel, Mellanox, DataDirect Networks, NVIDIA, IBM, CoolIT и Green Revolution Cooling.

Источник: https://hightech.fm

20.06.2022